Joost in Japan

View full post for English!

Dit bericht is het eerste in een serie over mijn onvermijdelijke maar hopelijk slechts tijdelijke afscheid van Japan.

De laatste weken wordt me met steeds grotere regelmaat gevraagd wat er nu door me heen gaat. Mijn standaardantwoord, gemengde gevoelens, is precies wat er ook echt door me heen gaat. Ik ga terug naar een land met mensen die ik ken en eindelijk weerzie, een taal die ik beheers en procedures die ik begrijp. Maar dat land heeft ook zijn mindere kanten, zoals stoplichten en het kabinet-Balkenende IV. Daarnaast verbrand ik hier écht mijn schepen: in Nederland wist ik toen ik in september wegging dat ik “snel” weer terug zou komen, en mijn huis en spullen heb ik dus nog. Hiervandaan neem ik mee wat ik kan dragen, en meer niet. Mijn “huis” wordt aan een ander verhuurd en mijn gaijin-card moet ik inleveren.

Ik weet het, en iedereen weet het – het komen en gaan van Japangangers is bij RIKEN haast de dagelijkse gang van zaken. Dat neemt niet weg dat ook hier mensen het rot zullen vinden dat ik wegga. En zo is twee weken voor vertrek het afscheid nemen dan daadwerkelijk begonnen…

Voor mijn Hiroshima/Himeji/Nagoya-avontuur kwam bijvoorbeeld tijdens het eten toevallig ter sprake dat ik een Mahjong-spel had gekocht. Fukuda-san wist niet wat ie hoorde en trommelde tijdens mijn trip de mannen op voor “afscheids-Mahjong”. Afgelopen donderdag hebben Fukuda-san, Hasegawa-san, Kawai-san (die het wild ingewikkelde scoresysteem uit z’n hoofd kent!) et al. me met eindeloos geduld leren Mahjongen. Beginnersgeluk is een wonderlijk fenomeen en het eerste rondje heb ik ze verpletterd met mijn tsumo. Tsumo is het pakken van een steen, en daarbij had ik die dag uitzonderlijk veel mazzel. Nog daarvóór had Hasegawa-san op mijn afscheidskaart een Mahjongende poes getekend die “tsumo” zegt – helderziendheid kent geen tijd. Het werd uiteindelijk half twaalf voor we uitgemahjongd waren. Een unieke ervaring voor mij, mahjongen met de Japanners, en ook voor hun, mahjongen met een niet-Japanner…

De dag erna, gisteren, was mijn afscheidsborrel. Hadden de meiden samen met Carsten en Michiel geregeld, en we waren uiteindelijk met z’n 22en in de izakaya. Dresscode: oranje, en ondanks dat dat pas de dag van tevoren was medegedeeld hebben ze nog aardig wat oranje weten op te trommelen (Morana had speciaal bij de Uniqlo een shirt in de meest pijnlijke kleur oranje gescoord ). De eerder al genoemde kaart met afscheidsboodschappen kreeg ik daar, en die vond ik ook erg leuk. Een greep uit de sappige quotes:

I wish His Joostship a good luck for World Domination. May your plans not be stopped by entrance of tearing vegetables. ~Charles

[..] Comparative shokudomics is the next science frontier. ~Nicolas

[..] we will try to stay “Joostified”. ~Al

I look forward to seeing you dominate the world with your ideas and software. ~Jessica

[..] I hope you will ‘bravely’ find ‘the powerful device’ whose ‘power is only exceeded by its mistery’. ~Morana

En nu is het écht bijna afgelopen. Vanavond eten met Akiko-san, m’n student Nederlands, en dan is het al bijna tijd om in te pakken. Deze week het artikel afmaken. Afscheidscadeaus en souvenirs zoeken. Eén afscheidscadeau heb ik sinds gisteren alvast: Sylvia bekende in de izakaya mijn bloed te willen hebben. Voor wetenschappelijke doeleinden… hoop ik

[Show as slideshow]

 

Lees de rest van deze post // read the rest of this entry »

Hoe kan het toch dat ik hier omringd ben door (o.a.) de slimste mensen van de wereld, maar dat het af en toe toch meer een kleuterklas is dan een onderzoeksinstituut? De eerste hint is al de instructie “Please Do Not dump toilet paper in the urinal” op een van de herentoiletten, maar de toespraak van de grote baas gisteren kwam aardig in de buurt.

Je moet weten, het fiscale jaar begint in Japan op 1 april, dus zo rond maart wordt iedereen onrustig, en vanaf begin april wil de baas dan graag het volk toespreken, zodat we vol goede moed het nieuwe jaar in kunnen. Of zoiets. Tot zover overigens niets mis mee, ik kan me voorstellen dat ik dat ook zou willen doen als ik de baas was. Maar goed, de datum is vastgesteld, veranderd, nog een keer vastgesteld, nog een keer veranderd en tenslotte werd er nog een paar keer met de tijd geschoven, maar vandaag was het eindelijk zover. In een grote stoet (“twee aan twee, niet duwen!” hoor ik in mijn hoofd) met z’n allen naar de “grote hal” waar het luxe presentatiegerei beschikbaar is.

Komt ie: of we even de aanwezigheidslijst willen tekenen. In het Engels overigens vertaald met “belief declaration”, dus ik vraag me af waar ik nu precies voor heb getekend. Daaruit spreekt lekker veel vertrouwen jegens het eigen personeel, dat van tevoren zeker drie keer op het hart was gedrukt dat ze écht moeten komen.

Dat sommige Japanners openlijk een tukje gaan doen tijdens de toespraak kan ik ze dan moeilijk nog kwalijk nemen. Als je mensen als kleutertjes behandelt gaan ze zich ook als kleutertjes gedragen…

And now for something completely different… een plaatje dat verder helemaal niets met het bovenstaande te maken heeft! Geleend van phdcomics.com.

… want voor je het weet komt het zwarte fietsenmonster ‘m halen!

Foto genomen op, je raadt het nooit, het Rikenterrein.

Japan blijft verrassen. Vandaag voor de tweede keer naar Hongo-campus geweest voor een bespreking met Inoue-sensei. De beste man was wederom onder de indruk van het gepresenteerde (had ik vorige keer kennelijk niet zo m’n best hoeven doen, want in deze had ik veel minder moeite gestoken ), stond positief tegenover het doen van een vervolgexperiment om mijn vindingen te bevestigen en vond het zowaar een goed idee als ik de resultaten de komende maanden opschrijf in een artikel. Cool!

Maar dat was niet de enige verrassing op de (overigens erg fraaie) campus van de uni van Tokyo. Je moet er bijvoorbeeld oppassen voor “de vogel die ‘gaa, gaa’ zegt”, aldus het bord. Inclusief plaatje van poppetje dat wordt aangevallen door een gaa-gaa-vogel. Only in Japan…

We cannot get out. They are coming.

(photo taken in a secret location within the Riken facility)

Zo heb je dagen niets in je postvakje, zo krijg je ineens twee keer goed nieuws…

Ik ben glansrijk geslaagd voor de JLPT! Mijn zorgen over het luistergedeelte bleken om niets te zijn geweest (87/100 punten), terwijl ik mezelf op het lezen/grammaticavlak iets had overschat omdat de leesvragen zo mega-makkelijk waren (uiteindelijk 151/200). Maar met 330/400 ben ik in ieder geval riant geslaagd dacht ik zo…

Brief nummer twee in het postvakje was van RIKEN. Anderhalve week terug moest ik een co-authorship test maken, anderhalf uur lang vragen over allerlei biologiedingen invullen. Dat doen ze volgens mij voornamelijk om te zorgen dat ze geen totale know-nothings op de auteurslijst zetten; iedereen zonder PhD moet ‘m eens in de twee of drie jaar doen. Tja, van toetsen die je alleen maar maakt “omdat het moet” word ik altijd een beetje melig, dus toen ik bij het biochemiedeel aankwam en de belachelijke vraag zag (“wat gebeurt er met de smeltcurve van een waterige oplossing van DNA als je…”, en vervolgens vijf situaties die ik nog nooit in het echt heb zien gebeuren) heb ik maar een gedicht voor ze geschreven.

I don’t know much about biochemistry, so I will write you a poem instead…

Although trained a biologist
Of one thing I get not the gist
“What is it,” you might ask me then,
“Are you not a computing man?”
“Correct!” and that is why, you see,
I don’t get biochemistry!

Helaas, de Japanners staan niet bekend om hun buitengewone gevoel voor humor, en al helemaal niet in geschreven Engels, dus de brief die ik kreeg was zo droog als het maar kan:

Maar hé, twee keer slagen op één dag maakt toch een beetje goed dat ik vandaag een “ontdekking” had gedaan die eigenlijk al tientallen jaren geleden gedaan was…

Ik bedacht me dat het misschien niet voor iedereen duidelijk is wat nou de hele moeilijkheid is aan wat ik precies doe. Het verhaal dat ik tot nu heb verteld over mijn werk bij Riken is ongeveer dat ik computers gebruik om biologische vragen te beantwoorden, en dan met name vragen waar heel veel gegevens bij komen kijken. Dat is wel een correct verhaal, maar om nu te zeggen dat het volledig weergeeft wat ik doe… nee. Daarom zal ik hier proberen te beschrijven wat nu precies de uitdaging is.

Als je computerprogramma’s schrijft heb je je aan een aantal regels te houden. Allereerst zijn er de regels van de programmeertaal. Iedereen die begint met programmeren krijgt te horen dat zijn programma’s het per definitie nooit in één keer zullen doen, omdat je altijd wel per ongeluk een stom regeltje overtreedt, en vrijwel niemand gelooft dat ook als het hem wordt verteld. Je bent toch slim genoeg om aan het eind van elke opdracht een puntkommaatje te zetten?!
Maar er zijn twee manieren waarop een programma het niet kan doen, en het handige is dat het programma in beide gevallen te vergelijken is met een automotor. In het eerste geval start het programma niet. Dat is bijvoorbeeld het geval als je tóch zo’n rottige puntkomma vergeet. In het andere geval start het programma wel, maar doet het niet wat het moet doen. In mijn geval kan dat betekenen dat er honderden miljoenen regels onzin geproduceerd worden door mijn programma, zonder dat het programma aangeeft dat er iets mis is: het programma start (in computertaal: “compileert”) immers.

Dit soort uitdagingen zijn lastig, maar altijd van een oplosbare aard. Maar iets anders dat je als beginnend programmeur verteld wordt – en terecht – is dat je programma’s altijd een zo algemeen mogelijke oplossing voor het probleem dienen te zijn. Dus je leest niet honderd regels van een honderdregelig bestand in, maar alle regels – stel je voor dat iemand er een regel afhaalt of bijdoet. Vaak zijn dit soort oplossingen niet heel moeilijk, maar ze kosten meer tijd dan gewoon de juiste getallen in je programma zetten. Neem ter illustratie voor nu maar even aan dat elk getal in je programma vervangen moet worden door een algemene versie (computertaal: “variabele” of “parameter”), tenzij dat getal een 0 of een 1 is.

Dan gaan we nu de bovenstaande (heel algemene en in een paar weekjes of maandjes te leren) gegevens combineren met een biologische vraag. Eentje waarbij heel veel gegevens komen kijken. De bestanden die het programma leest (de invoer) komen uit allerlei hoeken van de biologische kennis: de plaats van een gen op het genoom (het genoom is alle genetische informatie in een cel), de plaatsen waar zo’n gen kan worden opgesplitst, de plaatsen op het genoom waar andere interessante dingen te vinden zijn, de namen van allerlei voor mijn experiment interessante dingen, de gegevens die uit “mijn” experiment zijn voortgekomen, enz. enz. De informatie in de bestanden kan op alle denkbare volgordes staan en de bestanden kunnen elkaar tegenspreken.
En uiteraard wil je alle vragen zo algemeen mogelijk stellen: niet voor één gen opzoeken wat er voor interessants in de buurt ligt en wat het in mijn experiment doet (voor één gen kan het nog wel met de hand), maar voor alle genen en alle plaatsen op het genoom (iets 30.000 keer doen wordt toch een beetje vervelend).

Is de hoeveelheid gegevens in één experiment al enorm, vermenigvuldigd met het aantal keren dat je een dergelijk programma maakt en laat lopen is de hoeveelheid verwerkte informatie ronduit duizelingwekkend. Heb je thuis wel eens een programma gedraaid dat een uur nodig had om te voltooien? Ik betwijfel het. Sommige programma’s die ik gebruik hebben dagen nodig voordat ze klaar zijn. Kun je nagaan hoe rottig het dan is als er aan het eind een programmeerfoutje in blijkt te hebben gezeten en het hele ding weer overnieuw mag…

En als nou aan alle bovenstaande “kleinigheden” is gedacht en alles doet het, kom je terug bij het belangrijkste: je biologische onderzoeksvraag. Is het antwoord ja (1% van de gevallen) dan ben je blij. Is het antwoord nee (90% van de gevallen) dan ben je niet zo blij. En is het antwoord onduidelijk (de overige 9%) dan is je gemoedstoestand ergens daar tussenin. In elk van deze gevallen is de volgende stap echter het verzinnen van nog een vraag – hetzij om meer bewijs te vergaren voor je waargenomen fenomeen, zodat het statistisch aannemelijk kan worden gemaakt, hetzij om een nieuw fenomeen te vinden. En inderdaad, dan begint het hele programmeercircus weer opnieuw… En als het je dan uiteindelijk lukt om genoeg moois te vinden én te bevestigen kun je er een artikel over publiceren – en dat is waar we nu op mikken voor mijn stage.

Frustrerend? Soms. Maar dat zijn alle vormen van onderzoek. Niemand zei dat het makkelijk zou zijn… Leuk? Jazeker… als je een beetje affiniteit met computers hebt tenminste. Op dit moment staat een clustercomputer die honderd keer zo krachtig is als de trots van de VU te rekenen aan een vraag die ik hem heb gesteld. Om precies te zijn: welke van deze 5 miljoen kleine stukjes DNA (27 letters lang) passen precies op een of meer van deze andere stukken mRNA (bij elkaar 300.000.000 letters lang)? En dat dan 8 keer, telkens met andere gegevens. Da’s toch best een coole gedachte. Nu alleen maar hopen dat ik er niet morgen achter kom dat er een klein foutje is opgetreden…