Joost in Japan

Ik bedacht me dat het misschien niet voor iedereen duidelijk is wat nou de hele moeilijkheid is aan wat ik precies doe. Het verhaal dat ik tot nu heb verteld over mijn werk bij Riken is ongeveer dat ik computers gebruik om biologische vragen te beantwoorden, en dan met name vragen waar heel veel gegevens bij komen kijken. Dat is wel een correct verhaal, maar om nu te zeggen dat het volledig weergeeft wat ik doe… nee. Daarom zal ik hier proberen te beschrijven wat nu precies de uitdaging is.

Als je computerprogramma’s schrijft heb je je aan een aantal regels te houden. Allereerst zijn er de regels van de programmeertaal. Iedereen die begint met programmeren krijgt te horen dat zijn programma’s het per definitie nooit in één keer zullen doen, omdat je altijd wel per ongeluk een stom regeltje overtreedt, en vrijwel niemand gelooft dat ook als het hem wordt verteld. Je bent toch slim genoeg om aan het eind van elke opdracht een puntkommaatje te zetten?!
Maar er zijn twee manieren waarop een programma het niet kan doen, en het handige is dat het programma in beide gevallen te vergelijken is met een automotor. In het eerste geval start het programma niet. Dat is bijvoorbeeld het geval als je tóch zo’n rottige puntkomma vergeet. In het andere geval start het programma wel, maar doet het niet wat het moet doen. In mijn geval kan dat betekenen dat er honderden miljoenen regels onzin geproduceerd worden door mijn programma, zonder dat het programma aangeeft dat er iets mis is: het programma start (in computertaal: “compileert”) immers.

Dit soort uitdagingen zijn lastig, maar altijd van een oplosbare aard. Maar iets anders dat je als beginnend programmeur verteld wordt – en terecht – is dat je programma’s altijd een zo algemeen mogelijke oplossing voor het probleem dienen te zijn. Dus je leest niet honderd regels van een honderdregelig bestand in, maar alle regels – stel je voor dat iemand er een regel afhaalt of bijdoet. Vaak zijn dit soort oplossingen niet heel moeilijk, maar ze kosten meer tijd dan gewoon de juiste getallen in je programma zetten. Neem ter illustratie voor nu maar even aan dat elk getal in je programma vervangen moet worden door een algemene versie (computertaal: “variabele” of “parameter”), tenzij dat getal een 0 of een 1 is.

Dan gaan we nu de bovenstaande (heel algemene en in een paar weekjes of maandjes te leren) gegevens combineren met een biologische vraag. Eentje waarbij heel veel gegevens komen kijken. De bestanden die het programma leest (de invoer) komen uit allerlei hoeken van de biologische kennis: de plaats van een gen op het genoom (het genoom is alle genetische informatie in een cel), de plaatsen waar zo’n gen kan worden opgesplitst, de plaatsen op het genoom waar andere interessante dingen te vinden zijn, de namen van allerlei voor mijn experiment interessante dingen, de gegevens die uit “mijn” experiment zijn voortgekomen, enz. enz. De informatie in de bestanden kan op alle denkbare volgordes staan en de bestanden kunnen elkaar tegenspreken.
En uiteraard wil je alle vragen zo algemeen mogelijk stellen: niet voor één gen opzoeken wat er voor interessants in de buurt ligt en wat het in mijn experiment doet (voor één gen kan het nog wel met de hand), maar voor alle genen en alle plaatsen op het genoom (iets 30.000 keer doen wordt toch een beetje vervelend).

Is de hoeveelheid gegevens in één experiment al enorm, vermenigvuldigd met het aantal keren dat je een dergelijk programma maakt en laat lopen is de hoeveelheid verwerkte informatie ronduit duizelingwekkend. Heb je thuis wel eens een programma gedraaid dat een uur nodig had om te voltooien? Ik betwijfel het. Sommige programma’s die ik gebruik hebben dagen nodig voordat ze klaar zijn. Kun je nagaan hoe rottig het dan is als er aan het eind een programmeerfoutje in blijkt te hebben gezeten en het hele ding weer overnieuw mag…

En als nou aan alle bovenstaande “kleinigheden” is gedacht en alles doet het, kom je terug bij het belangrijkste: je biologische onderzoeksvraag. Is het antwoord ja (1% van de gevallen) dan ben je blij. Is het antwoord nee (90% van de gevallen) dan ben je niet zo blij. En is het antwoord onduidelijk (de overige 9%) dan is je gemoedstoestand ergens daar tussenin. In elk van deze gevallen is de volgende stap echter het verzinnen van nog een vraag – hetzij om meer bewijs te vergaren voor je waargenomen fenomeen, zodat het statistisch aannemelijk kan worden gemaakt, hetzij om een nieuw fenomeen te vinden. En inderdaad, dan begint het hele programmeercircus weer opnieuw… En als het je dan uiteindelijk lukt om genoeg moois te vinden én te bevestigen kun je er een artikel over publiceren – en dat is waar we nu op mikken voor mijn stage.

Frustrerend? Soms. Maar dat zijn alle vormen van onderzoek. Niemand zei dat het makkelijk zou zijn… Leuk? Jazeker… als je een beetje affiniteit met computers hebt tenminste. Op dit moment staat een clustercomputer die honderd keer zo krachtig is als de trots van de VU te rekenen aan een vraag die ik hem heb gesteld. Om precies te zijn: welke van deze 5 miljoen kleine stukjes DNA (27 letters lang) passen precies op een of meer van deze andere stukken mRNA (bij elkaar 300.000.000 letters lang)? En dat dan 8 keer, telkens met andere gegevens. Da’s toch best een coole gedachte. Nu alleen maar hopen dat ik er niet morgen achter kom dat er een klein foutje is opgetreden…

Ik lees wel van alles op je website, maar hoe gaat het nu eigenlijk met je? Vermaak je je nog een beetje?

Die vraag heb ik nu al een paar keer via de mail gehad, dus ik zal hier maar eens een overzichtje geven van de dingen die ik wel meemaak, maar die niet direct een heel lezenswaardig blogverhaal zouden vullen.

Allereerst, ik vermaak me prima. Natuurlijk mis ik de lieve mensen uit Nederland soms (ja lieve lezers, dat zijn jullie!), maar gelukkig vind ik voldoende afleiding. Nu is me vermaken voor mij nooit zo moeilijk, want ik verveel me nooit. Maar het helpt natuurlijk ook dat ik in Japan zit en dat ik leuke mensen om heen heb en interessant werk doe. Zaterdag heb ik gebombardeerd tot toerisme-dag, hoewel ik ‘m helaas ook soms opoffer aan het opruimen van mijn rotzooi en het doen van de andere dingen die ik nog moest doen. ’s Zondags heb ik Japanse les en doe ik alle andere dingen die de rest van de week niet af komen. Wat voor dingen dat zijn? Stukjes schrijven voor de website, werken aan andermans website, etc. En dat brengt ons bij puntje twee…

… de financiën. Sinds ik hier ben aangekomen is m’n geld zo’n 20% minder waard geworden en da’s toch wel een beetje zuur. Toch verkeer ik tot mijn verbazing niet in acute geldnood. Ik heb de eerste vijf maanden onverwacht zuinig geleefd, waarschijnlijk uit angst te vroeg door mijn geld heen te zijn, en allerlei onverwachte gulle giften en werk aan websites zorgen ervoor dat ik niet op een houtje hoef te bijten. Ik had niet gedacht websitewerk te kunnen doen in Japan, het is toch minder handig dan vanuit Nederland, maar ik ben toch regelmatig een paar uurtjes aan het klussen en daar kan ik dan weer leuke dingen van gaan doen.

Dan is er natuurlijk nog het werk waarvoor ik niet betaald word. Bij Riken gaat het allemaal redelijk volgens schema. De micro-RNA-teller staat op een stuk of 10 inmiddels, en we hopen dat Inoue-sensei een experiment wil doen om te bevestigen dat ze echt bestaan. Het is natuurlijk de bedoeling (althans, het zou leuk zijn) dat er een artikel uit mijn werk voortkomt, en we zijn ons aan het beraden of dat een artikel samen met Inoue moet worden of iets heel anders, of misschien een beetje van allebei. Voor het “iets heel anders” heb ik een geschikte kandidaat op het oog, maar ik moet komende week onderzoeken of het wel haalbaar zal blijken. De mensen bij Riken zijn gelukkig allemaal erg enthousiast en ambitieus, dus er moet zeker iets moois uit kunnen komen. Bijkomend voordeel is dan ook weer dat het me het schrijven van een los stageverslag bespaart als ik een artikel zou kunnen publiceren. We zullen zien…

Tenslotte zijn er nog de vele dingen die ik hier leer. Ik ben pas op de helft, maar nu al weet ik zeker dat ik aan de ervaring op zich voor de rest van mijn leven iets zal hebben. Ik leer een taal (hoewel niet zo snel als ik eigenlijk zou willen), veel bioinformatica en wetenschap, en heel veel over allerlei verschillende culturen – inderdaad, niet alleen over de Japanse! Overigens geven de stukjes die ik schrijf, ook al lijken ze misschien weinig relevant, wel een aardig beeld van wat me hier bezighoudt, dus in die zin zijn ze niet eens een hele slechte graadmeter van hoe goed ik me hier vermaak.

Hoe dan ook, als het goed is heb je nu weer een iets vollediger plaatje van mijn Japan-avontuur. Mocht je ondanks dit nog met vragen zijn blijven zitten, je mag ze natuurlijk altijd in de comments gooien of me een mailtje sturen

Op drie februari was het vroegâh oud en nieuw. In Nederland denk je dan “nou en?”, maar in Japan ga je dan naar de tempel, samen met 3500 anderen. Yamashita-san was zo vriendelijk me hierover in te lichten en om me mee te nemen naar de Souji-ji, de tempel waar ik drie weken geleden toevallig ook al was geweest.

Setsubun, zoals het feest heet, dient om oude narigheid weg te jagen en nieuwe in te luiden. Op andere plaatsen mag je dan geroosterde sojabonen naar mannen met demonenmaskers gooien, maar bij de Souji-ji doen ze het ietsje anders. Daar gooien de monniken, en een paar marginaal interessante genodigden, bonen naar de gasten. Ondertussen dienen er dingen geroepen te worden als “weg met het kwade”, “erin met het goede” of “hierheen alsjeblieft, ik heb nog geen bonen”.

Het feest begint om twaalf uur, maar als je een beetje wilt meedoen kom je minstens om half elf, want om elf uur gaan de deuren open. Buiten koop je een paar bonen (achteraf snap ik niet zo goed waarom, want je werd later haast letterlijk bekogeld met nog meer bonen), en eventueel wat andere tempelparafernalia (zie foto’s). Afhankelijk van hoeveel je koopt mag je een aantal keren aan een soort bonenmolen draaien. Komt er een niet-rode boon uit, dan heb je iets gewonnen. Ik kocht een paar zakjes bonen plus een rood poppetje waarvan ik naam steeds vergeet en een traditioneel sake-bakje en mocht drie keer draaien. Stopten ze in een zakje met nog meer gadgets, en ik won een fotolijstje. Jeej!

Vervolgens namen we in de rij plaats tot de deuren opengingen. Allemaal schoentjes uit en in een zakje, nog een lootje ontvangen voor de volgende loterij en plaatsnemen op de tatamivloer. Over zakjes gesproken, gelukkig had Yamashita-san aan een extra zakje voor mij gedacht, want ik was natuurlijk niet voorbereid op wat komen ging…
Eerst echter de entree van de BJ-ers (Bekende Japanners). Kreetjes werden geslaakt of gesmoord terwijl allerlei mensen waarvan ik niet snapte waarom ze zo cool waren het VIP-gedeelte betraden. Diezelfde mensen mochten trouwens tot groot genoegen van het volk en tot enig onbegrip van mij aan het eind van het feest de winnende nummers trekken. Ze mogen dan zo vroom ogen, die Boeddhisten snappen heus wel hoe je mensen naar je tempel trekt: lootjes uitdelen!

Die tombola is natuurlijk leuk, maar daar kwamen we niet voor. Bonen willen we hebben! Na een stukje Boeddhistisch gebed waarin af en toe tot onze schrik vlak achter ons heel hard op een trommel werd geslagen was het tijd voor het bonengooien. “Blijft u alstublieft zitten als we straks gaan gooien, want de monniken hebben heel veel werk gehad om de bonen klaar te maken en het zou zonde zijn om het festival af te blazen omdat er iemand gewond raakt,” zei de monnik met de microfoon. Dat belooft wat. Na wat meer gezang en getrommel kwamen van alle kanten monniken met manden vol kleine zakjes bonen aangelopen.
Op onvoorspelbare momenten begonnen ze daarmee te strooien. Het schouwspel dat volgt is moeilijk te beschrijven, en op mij maakte het tafereel zo’n indruk dat ik spontaan overschakelde naar het Nederlands voor mijn verraste kreten. Het publiek dook op de zakjes alsof er goudstof in zat. De ietwat cynische houding hiertegenover van sommige monniken verried dat ze het zelf tegelijk grappig, maar ook een beetje stompzinnig vonden. De anders zo beleefde Japanners waren haast in staat zakjes uit mijn handen te grissen. Hoogst verbaasd was een oude man die net niet bij een zakje kon toen ik hem dat zakje aanbood. Ik begreep duidelijk het doel van het spelletje niet… Maar inmiddels had ik natuurlijk een flinke zak vol zakjes vergaard; je hoeft namelijk helemaal niet heel hard te graaien om een heleboel zakjes te verzamelen. De arme monniken hadden ziljoenen van die zakjes gemaakt volgens mij, ik had zonder echt m’n best te doen een hele zak vol bonen aan het eind van het ritueel…

Het uiteindelijke doel is om net zoveel bonen op te eten als je leeftijd plus één. Brengt geluk. Ik denk dat ik heel veel geluk ontvang dit jaar, want ik heb “een paar” bonen extra opgegeten. De mensen bij Riken trouwens ook, daar kon ik het ritueel namelijk nog eens dunnetjes overdoen – lekker collega’s bekogelen met zakjes bonen…

Om een avontuurlijke dag compleet te maken ’s avonds nog afgesproken met Danny, iemand die ik sinds het Alkwin niet meer had gezien en die in de buurt was (dat krijgt toch een andere lading als je aan de andere kant van de wereld zit, vind je niet? ). Altijd leuk om even bij te praten. Check vooral ook de filmpjes van het absurde bonenfeest!*

[Show as slideshow]

 

Even if they wouldn’t have a characteristic accent, you could easily pick the Japanese people from within a group of English speakers. Why? Because their choice of words is… special. So, for your recognizing pleasure, and maybe also of use as 10 words (and phrases) of advice to the Japanese, Marina & Joost present the 10 most overused words and phrases by Japanese people speaking English. Not intended to insult anyone of course.

1. Let’s. Alright, so there’s a volitional form in Japanese that’s most often translated as “let’s”. But that’s no excuse for its gratuitous use in constructs like “let’s enjoy”. It just sounds too happy, and if you’ve ever been off the island you could have told by the lack of Hello Kitty paraphernalia that the non-Japanese just aren’t the extremely happy people you’re used to talking to back home. So remember, “let’s” is only to be used when making concrete plans that weren’t there before, or when you’re about to go somewhere (as in: let’s go).
2. Enjoy. This is frequently found in conjunction with (1). Somehow, when making plans, one can’t just make a plan to do something, but the enjoying must be included in the plan. So if we were Japanese and planning on going out drinking and we’d send out an e-mail to our foreign friends, it would say “Let’s enjoy drinking (together)”. For people in whose native language implication and omission are the norm, that’s pretty explicit, don’t you think?
3. Contact to me. I get my particles wrong all the time, and I wish someone’d tell me. So here’s free advice to all of you out there: “to contact” doesn’t take “to” before the object. Just “contact me” will do.
4. Person in charge. There has to be a person in charge for everything in Japan. Undoubtedly there used to be some reason having to do with determining who’d be first in line to commit seppuku when the plan formed under (1) went south. However, it’s been a while since the Japanese made a habit of disemboweling themselves when they messed up, and the English speakers have never really taken to the practice in the first place. So please, limit the use of this term to situations where there actually is something that needs someone in charge. Hint: being in charge of opening and closing the elevator doors does not qualify, being in charge of the hiring and firing does.
5. To be informed. If someone contacts (to) you, you’re informed. Duh.
6. Issue. Everything in this place needs to be issued. Let’s enjoy buying a thesaurus!
7. I see. It’s not necessary to confirm your understanding after our every sentence using “I see”. Really, we can tell simply by the presence or absence of a “blank stare” or the more obvious “huuuuuuu!?”.
8. Refrain from. I’m sure it sounds better than “don’t do”, but appealing to a foreigner’s sense of self-restraint is asking for trouble. Just tell them what to (not) do, they’ll probably think you’re polite anyway because of the inevitable apologetic smiling and bowing.
9. Dead line. If it’s not dead yet, we’ll kill it anyway.
10. Inconvenience. It may seem weird if you’re from a country where you can get along without knowing how to do any normal stuff, such as preparing your own lunch or walking stairs, but we actually don’t mind a little inconvenience so much. Except when you’re performing maintenance on elevators; in that case we expect a glow stick man at the entrance of the elevator to help us refrain from using it.

So now that you’ve been informed, let’s enjoy talking together in English, and refrain from using any of the phrases mentioned above. If you don’t see, please contact to me. よろしくお願いします。

Danger! Inconvenience!